Séquence d'un tétrapeptide

[amelouse41]

Bonsoir à tous !
Voila, j'expose mon problème ici car je suis désespérée et ne trouve pas la réponse à ma question..
Le sujet étant :
"L'un des fragments (d'acides aminés) obtenus après coupure est un tétrapeptide (dont la séquence est inconnue). Pour déterminer sa séquence, on soumet ce peptide à l'action d'une enzyme qui coupe la 1ere liaison peptidique sur tous les peptides. On analyse régulièrement la composition du milieu réactionnel durant l'action de cette enzyme. Les résultats obtenus sont consignés dans le tableau ci-dessous (qui donne, pour différents acides aminés et en fonction du temps, la quantité de chaque acide aminé dans le milieu réactionnel en unités arbitraires)."
Evolution de la composition du mélange réactionnel:


Indiquer la ou les séquences possibles pour le tétrapeptide analysé.
Donc voila, je bloque car en cours on a pas du tout fait le séquençage et je suis perdue ! Je ne comprends pas les valeurs du tableau et je ne sais pas comment se présente une séquence de tétrapeptide. J'ai pourtant bien cherché dans tous mes livres de BPH, ainsi que sur le web et je n'ai rien trouvé..
Je vous remercie d'avance de votre aide !!!!
Bonsoir !

[darrigan]

Bonsoir,

Bon alors suppose que ton tétrapeptide soit de la forme A—B—C—D, où A, B, C et D sont les acides aminés à rechercher et "—" est la liaison peptidique (-CO-NH-)

L'enzyme que tu ajoutes à la solution a pour effet de couper la première liaison peptidique, ce qui revient à écrire :

A—B—C—D + enzyme → A + B—C—D + enzyme
(l'enzyme n'est pas consommée, c'est comme un catalyseur)

Une fois ceci fait, l'enzyme peut continuer son action sur le fragment qui reste :
B—C—D + enzyme → B + C—D + enzyme

Ainsi de suite. Et comme tous ne réagit pas instamment,mais que cela prend un certain temps, on suit l'évolution en fonction du temps et on observe comment varie la concentration en chaque acide aminé. Logiquement, on peut penser que les acides aminés apparaissent dans l'ordre du séquençage (structure primaire) du peptide.

Ceci t'étant expliqué, es-tu maintenant capable de déduire, d'après le tableau, dans quel ordre s'enchaînent les acides aminés de ton tétrapeptide ? Je suis sûr que oui
Tu vas même te rendre compte que plusieurs séquençages sont possibles...

[amelouse41]

Bonsoir, je vais surement paraître bête, mais je ne parviens pas à déterminer l'enchaînement des AA du tétrapeptide...
Je ne sais pas quelle relation faire entre les résultats du tableau et comment faire une séquence avec ceux-ci !
A croire que je suis nulle... désolé !

[darrigan]

Mais non tu n'es pas bête... Seulement tu ne sais pas encore comment réfléchir à ce genre de problème. Mais ne compte pas sur moi pour te donner direct la solution !

Donc, regarde le tableau et décortique-le :
1. Quel est le premier acide aminé qui apparaît dans le mélange, au cours du temps ?
2. Que peux-tu en déduire d'après ce que je t'ai raconté plus haut ?
3. Comment évolue ensuite le mélange ? Qu'en déduis-tu ?
4. Et ensuite ?...

[amelouse41]

Bonjour!
(je viens de m'apercevoir que j'avais fais une faute dans le tableau en le recopiant, à la 1ere ligne -le temps- on a 0 - 10 et 15 (non 5..))
Je vais surement faire des erreurs dans ce que je vais dire mais c'est pas grave je me lance :

Le 1er acide aminé qui apparaît dans le mélange au cours du temps est : Glycine
Je peux en déduire que c'était le 1er AA du peptide (A-B-C-D +enzyme -> A + B-C-D + enzyme)
Ensuite l'enzyme continue sur le fragment restant ( B-C-D + enzyme -> B + C-D + enzyme)

Mais du coup quand le temps "s'avance" on voit apparaître plusieurs AA : en 2eme on a Glycine et Serine...
Et la c'est le drame... aha. Non en vrai, je ne vois pas comment présenter le "début" d'enchaînement possible que je vais trouver (si je le trouve !)
Je suis à l'ouest !

[darrigan]

Oui le premier est bien la glycine, tu as trouvé.
Mais comme la réaction est lente et ne se fait pas sur tous les tétrapeptides en même temps, jusqu'au au temps t=15 min (au lieu de 5), la glycine continue d'être détachée, et ensuite sa concentration reste à 1 (le maximum). Comme il est toujours dans le mélange, il est normal que tu voies toujours sa présence ! Le 2e acide aminé peut à son tour commencer à se détacher sous l'action de l'enzyme. Le 2e est donc la Sérine.
Et ensuite ?

[amelouse41]

Alors ensuite, si je ne me trompe pas, il y en a 2 au temps t=20 : acide aspartique et tryptophane, et après on a tous les acides amines ?! Et comment je dois présenter ma séquence ?