Bonjour tout le monde,
J'ai une petite question, car je prépare un concours en autodidacte.
Une question me demande ce qu'est un ORF ainsi que le nom et la fonction des séquences avant et après l'ORF.
Pour l'ORF, j'ai dit que c'est le "cadre ouvert de lecture", qui commence et se termine par un codon STOP.
Par contre pour les séquences avant et après, je ne vois vraiment pas.
Quelqu'un pour m'aider ?
Merci d'avance.
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[Biomol] Cadre ouvert de lecture
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colin
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Re: [Biomol] Cadre ouvert de lecture
Bonjour,
La question n'est pas très précise... on parle d'ADN , ou d'ARNm mature, ou ARN pré-messager ?
L'ORF, désigne une zone qui contient potentiellement un séquence codante, car elle ne présente pas de codon stop. C'est une façon de détecter un gène dans une séquence quelconque d'ADN (statistiquement il y a un codon stop tous les 21 codons... si on observe une zone de 300 codons sans codon stop, alors il se peut que cela soit une séquence codante... mais attention aux introns chez les eucaryotes !)
En fait les ORF sont des outils d'investigation uniquement, cela n'est pas très utile ensuite pour décrire l'organisation d'un gène à mon sens.
A noter qu'il existe souvent une confusion entre séquence codante et ORF.
Avant la séquence codante (mais a priori dans l'ORF...) sur l'ARNm il y a la région 5'UTR (UnTranslated Region) qui permet la fixation des ribosomes (RBS = séquence de Shine Dalgarno), et après l'ORF il y a la région 3'UTR avec le signal de poly-adénylation et des zones de régulation de la traduction (+ la coiffe en 5' et la queue poly A en 3' le cas échéant).
Et si l'on parle d'ADN il y a le promoteur (Pribnow box, et TATAbox), et les séquences de régulation (silencer / enhancer) mais qui peuvent être situées très loin en amont ou en aval de l'ORF...
un petit schéma pas trop mal d'un gène (ADN):
http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/Page ... ctGene.png
En espérant t'avoir éclairé !
La question n'est pas très précise... on parle d'ADN , ou d'ARNm mature, ou ARN pré-messager ?
L'ORF, désigne une zone qui contient potentiellement un séquence codante, car elle ne présente pas de codon stop. C'est une façon de détecter un gène dans une séquence quelconque d'ADN (statistiquement il y a un codon stop tous les 21 codons... si on observe une zone de 300 codons sans codon stop, alors il se peut que cela soit une séquence codante... mais attention aux introns chez les eucaryotes !)
En fait les ORF sont des outils d'investigation uniquement, cela n'est pas très utile ensuite pour décrire l'organisation d'un gène à mon sens.
A noter qu'il existe souvent une confusion entre séquence codante et ORF.
Avant la séquence codante (mais a priori dans l'ORF...) sur l'ARNm il y a la région 5'UTR (UnTranslated Region) qui permet la fixation des ribosomes (RBS = séquence de Shine Dalgarno), et après l'ORF il y a la région 3'UTR avec le signal de poly-adénylation et des zones de régulation de la traduction (+ la coiffe en 5' et la queue poly A en 3' le cas échéant).
Et si l'on parle d'ADN il y a le promoteur (Pribnow box, et TATAbox), et les séquences de régulation (silencer / enhancer) mais qui peuvent être situées très loin en amont ou en aval de l'ORF...
un petit schéma pas trop mal d'un gène (ADN):
http://ead.univ-angers.fr/~jaspard/Page ... ctGene.png
En espérant t'avoir éclairé !
Jean-Philippe COLIN
Professeur de SVT à l'UPPA - Biologie & Physiologie Animale
Blog: http://svtcolin.blogspot.com/
Professeur de SVT à l'UPPA - Biologie & Physiologie Animale
Blog: http://svtcolin.blogspot.com/
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NathanEB
- Messages : 4
- Inscription : 21/01/2013, 17:47
- Niveau d'étude / Domaine : Etudiant, 2ème anée médecine.
Re: [Biomol] Cadre ouvert de lecture
C'est très clair, merci beaucoup