"Ficelles" et rubans...

[ecolami]

Bonjour,
Je vois souvent des structures de protéine en 3D représentées par des "ficelles" et des rubans fléchés coloré. Que signifient-elle? Les protéines sont des polymères, qui s'assemblent parfois avec plusieurs chaines mais c'est tout ce que je sais.
Je ne sais pas si les rubans sont des parties de la chaine polymère repliées et alignés et que les "ficelles" sont des parties non repliées et alignées donc la chaine seule.

[brusicor02]

Bonjour,

Les protéines sont des polymères biologiques en effet, des longues chaînes d'acides aminés lié entre eux par des liaisons amide. Une liaison amide, c'est plan et cela comporte de l'hydrogène est des carbonyles... Tiens, cela ferait des bonnes liaisons hydrogène ça, surtout qu'en plus cela se répète régulièrement sur la chaîne !

Donc, qu'avons-nous comme possibilités ?

• un repliement intrabrin : la chaîne s'enroule sur elle-même et le tout forme une hélice qui est stabilisé par les liaisons hydrogène.
• un repliement interbrin : les brins se mettent parallèlement les uns par rapport aux autres, formant des feuillets localement plans.
• des liaisons localisés entre résidus consécutifs, formant des coudes dans la chaîne.
• et le reste n'est que pelote statistique

Tout ceci forme ce qu'on nomme la structure secondaire de la protéine (la primaire étant la séquence d'acide aminé, la tertiaire la forme 3D générale et la quaternaire les assemblages).

Donc en représentation "ficelle et rubans", les rubans représentent les différents éléments de la structure secondaire et la ficelle la pelote statistique.

[ecolami]

Bonsoir
Merci pour ces informations . Si je comprend bien les ficelles sont les hélices et les rubans les repliement interbrin? Ou alors les rubans désignent ces deux cas des figures et la ficelle une partie désordonnée?
Il y a 3 possibilité mais deux représentations sur ces images.
Le sens de la flèche reste mystérieux: peut-être s'agit-il juste d'indiquerdans quel sens "lire" la chaine représentée?

[brusicor02]

Pour illustrer tout ceci, on va prendre une transferrine du sérum humain :


Les liaisons hydrogène sont en cyan et les liaisons disulfure sont en noir.

On a les structures décrite :

• pour les hélices : des hélices α (la plus commune des hélices) et des hélices 310
• pour les feuillets : des feuillets β (eux aussi commun) disposés parallèlement ou anti-parallèlement
• la pelote statistique est en blanc
• les coudes ici ne sont pas mis en valeur le plus souvent, ils existent mais ils sont souvent négligés sauf importances particulières

Pour la signification du sens de la flèche... Et bien, une protéine est un polymère linéaire formé par des acides aminés lié par des fonctions amides. On a donc une chaîne avec une extrémité avec une amine (l'extrémité N-terminale) et l'autre extrémité avec un acide carboxylique (extrémité C-terminale). Comme les ribosomes synthétisent les protéines du N-terminal vers le C-terminal, on donne les séquences protéiques dans le même sens.


séquence et relation à la structure secondaire de la protéine
Ici, les coudes sont bien mis en évidence (les coudes de type "retournement" sont en violet) et tu remarques que les feuillets β (en jaune) ont tous leur flèche dans le même sens une fois la protéine "mise à plat".

[ecolami]

Bonsoir,
Encore merci pour ces compléments d'informations: maintenant c'est clair