Dans une des conférences du professeur Fontecave au Collège de France relative à la mise au point d'enzymes pour des réactions non naturelles liées à la biologie de synthèse et à la chimie verte il explique la stratégie employée avec l'exemple d'un Cytochrome P450 variété ?? '(je ne sais plus).
Une première technique est mise en jeu qui permet de dupliquer les protéines en laissant volontairement des défauts de reproduction (donc le nombre d'acides aminés reste constant). Ensuite une technique de criblage biochimique permet de tester rapidement les enzymes mutées. L'exemple qui était pris avec cette enzyme cytochrome P450 était que la version naturelle oxydes les alcanes (ou plutôt les chaines alcane d'acides gras, sans détruire l'acide) et l'objectif était de modifier assez pour que le METHANE puisse être oxydé en Méthanol. (Dans cette conférence l'objectif avec le méthane n'est pas atteint, ça se limite au propane)
Ce que le criblage révèle est que les mutations utile commencent par rendre de moins en moins sélective l'enzyme, puis il vient un moment ou la sélectivité bascule vers des alcanes a chaines plus courtes.
Ces techniques ne sont possible qu'avec l'automatisation parce que le criblage ne fournit statistiquement que 30% de modifications intéressantes que ces mutations sont soumises de nouveau a une duplication avec mutation qui sera suivie d'un criblage etc...
LEs techniques de diffraction aux rayons X permettent de localiser précisément les mutations (c'est presque de la magie je trouve
).Au départ on pense que les mutations proches du site actif sont les seules importante mais l'expérience montre que ce n'est pas si simple. au fil des mutations loin du site actif apparaissent de temps en temps des enzymes avec des propriétés toutes différentes. Par contre le type de réaction catalysé reste identique.
Unne chose n'est pas claire, pour moi, j'ignore si tout ça est fait dans des bactéries ou s'il faut fabriquer, pièce par pièce les nouvelles enzymes qui ont été sélectionnées: cela est sans doute possible mais excessivement laborieux.
Bien entendu que c'est fabriqué par sur-expression dans des bactéries ou d'autres organismes modèles. Fabriquer une protéine par synthétiseur chimique, c'est très coûteux et on va pas aller très loin. 
Surtout pour un cytochome où on a en plus des éléments hétéroprotéique comme un hème.
